داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می‌دهد. خبر می‌رسد شریدر توانسته از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می‌رود تا با استفاده از قابلیت‌های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...